2023年10月にインボイス制度(適格請求書等保存方式)が始まってから、まもなく3年が経過します。制度開始時には、免税事業者からの仕入れであっても一定割合を仕入税額控除できる「経過措置」が設けられましたが、この経過措置の控除割合は段階的に縮小していく仕組みになっています。「2026年10月から何が変わるのか」「自社の消費税申告にどう影響するのか」と気になっている経理担当者・個人事業主の方も多いのではないでしょうか。この記事では、インボイス制度の経過措置の仕組みと、2026年10月以降の変更点、実務上の対応ポイントについて、初心者にもわかりやすく解説します。
制度の詳細な計算方法や適用要件は個々の取引によって異なる場合があります。実際の申告にあたっては、国税庁が公表する最新の資料をご確認いただくか、税理士にご相談ください。
インボイス制度の経過措置とは
免税事業者からの仕入れは原則として仕入税額控除の対象外
インボイス制度の下では、仕入税額控除を受けるためには、原則として適格請求書発行事業者から交付された「適格請求書(インボイス)」の保存が必要です。適格請求書発行事業者になれるのは消費税の課税事業者に限られるため、免税事業者や消費者からの仕入れについては、原則として仕入税額控除を受けることができません。
急激な負担増を緩和するための経過措置
もっとも、制度開始によって仕入先の多くが免税事業者である事業者(例えば個人の職人やフリーランスと取引の多い事業者など)が、いきなり仕入税額控除を受けられなくなると、税負担が急激に増えてしまいます。そこで、国税庁の案内によると、免税事業者等からの課税仕入れについても、令和5年10月1日から令和11年9月30日までの期間に限り、仕入税額相当額の一定割合(80%・50%)を仕入税額として控除できる経過措置が設けられています。
2026年10月から控除割合はどう変わるのか
令和8年9月30日までは80%控除
制度開始からの3年間、具体的には令和5年10月1日から令和8年9月30日までの課税仕入れについては、免税事業者等からの仕入れであっても、仕入税額相当額の80%を仕入税額として控除することが認められています。
令和8年10月1日以降は50%控除に縮小
これに対し、令和8年10月1日から令和11年9月30日までの課税仕入れについては、控除できる割合が仕入税額相当額の50%に縮小されます。つまり、同じ金額を免税事業者から仕入れた場合でも、2026年9月までと10月以降とでは、控除できる消費税額が実質的に少なくなるということです。控除割合は取引が行われた日(課税仕入れを行った日)を基準に判定されるため、決算期をまたぐ取引がある場合は特に注意が必要です。なお、この経過措置は令和11年9月30日をもって終了する予定であり、それ以降は原則どおり適格請求書がなければ仕入税額控除を受けられなくなる見込みです。
経過措置の適用には帳簿・請求書等の保存が必要
経過措置の適用を受けるためには、区分記載請求書等と同様の事項が記載された請求書等の保存に加えて、その経過措置の適用を受ける旨を帳簿に記載して保存しておく必要があります。単に免税事業者からの仕入れであるというだけで自動的に適用されるわけではないため、記帳の際には注意が必要です。
実務上、どのような対応が必要になるか
仕入先が課税事業者か免税事業者かを把握する
まずは、自社の主な仕入先が適格請求書発行事業者(課税事業者)か、免税事業者かを改めて把握しておくことが大切です。特に、フリーランスや小規模な個人事業主との取引が多い業種では、免税事業者からの仕入れの割合が高くなりやすく、控除割合の縮小による影響も相対的に大きくなります。
会計ソフト・請求書管理システムの設定を確認する
多くの会計ソフトや請求書管理システムでは、取引先の登録状況に応じて自動的に消費税額を計算する機能が搭載されています。控除割合が80%から50%に変わるタイミングで、システム側の設定や取引先マスタが正しく更新されているかを確認しておくと、申告時の計算誤りを防げます。
取引条件の見直しを検討する
控除割合の縮小により、免税事業者との取引にかかる実質的なコストが増える場合、取引価格や取引条件の見直しを検討する事業者も出てくると考えられます。ただし、免税事業者に対して一方的に価格の引き下げを求めることは、独占禁止法や下請法上の問題となるおそれがあるため、公正取引委員会や中小企業庁が示す考え方も踏まえながら、双方が納得できる形で協議を進めることが望まれます。
個人事業主・フリーランス側から見た注意点
取引先から登録状況を確認されることが増える
免税事業者のまま事業を続けている個人事業主やフリーランスの方は、取引先から適格請求書発行事業者への登録状況を確認されたり、控除割合の縮小を理由に取引条件の相談を受けたりする場面が増える可能性があります。取引先がどのような経理処理を行っているかを理解しておくことで、条件面での話し合いにも対応しやすくなります。
課税事業者への登録を検討する場合のポイント
控除割合の縮小をきっかけに、適格請求書発行事業者(課税事業者)への登録を検討する免税事業者の方もいます。登録すると、消費税の申告・納付義務が生じる一方で、簡易課税制度や2割特例など、事務負担や納税額を抑えられる制度が用意されている場合があります。どの制度が自身の事業に適しているかは、売上規模や経費の状況によって異なるため、登録の要否も含めて税理士に相談しながら検討することをおすすめします。
経過措置の対象とならないケースにも注意
高額な取引には上限が設けられている
経過措置は制度の急激な変化を緩和するためのものであるため、無制限に適用されるわけではありません。国税庁の案内によると、令和6年10月1日以降に開始する課税期間からは、一の免税事業者等から行う経過措置の対象となる課税仕入れの税込金額の合計が、年または事業年度で10億円を超える場合、その超えた部分については経過措置の適用を受けられません。多額の取引がある事業者は、この上限にも注意が必要です。
よくある疑問
課税事業者になれば経過措置は関係なくなるのか
自社が適格請求書発行事業者(課税事業者)であっても、仕入先が免税事業者である限り、その仕入れについては経過措置の対象となるかどうかを検討する必要があります。経過措置は「仕入先が免税事業者等であるかどうか」に着目した制度であるため、自社の登録状況にかかわらず、取引ごとに確認が必要です。
簡易課税制度を選択している場合はどうなるか
簡易課税制度を選択している事業者は、実際の仕入税額を積み上げるのではなく、売上に応じたみなし仕入率で仕入税額を計算するため、この経過措置の対象外となります。自社がどちらの計算方法を採用しているかによって、実務上の影響の受け方が異なる点も押さえておきましょう。
まとめ
インボイス制度の経過措置による仕入税額控除の割合は、令和8年9月30日までの80%から、令和8年10月1日以降は50%へと縮小されます。この変更は、免税事業者との取引がある企業・個人事業主にとって、消費税の実質的な負担増につながる可能性があるため、早めに仕入先の状況を確認し、会計処理や取引条件について準備を進めておくことが大切です。制度の詳細や自社への影響については、国税庁の最新の公表資料を確認するとともに、判断に迷う場合は税理士に相談することをおすすめします。
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