2023年10月に始まったインボイス制度（適格請求書等保存方式）には、免税事業者との取引や小規模事業者の負担に配慮した複数の経過措置が設けられています。これらの経過措置の一部は、期限の到来や制度の見直しにより、2026年10月以降に内容が変わる見込みです。この記事では、インボイス制度の経過措置がどのように変わる見込みか、フリーランス・個人事業主・中小企業の経理担当者に向けて整理します。
経過措置の具体的な適用期間や控除割合は、法令・国税庁の公表情報に基づいて正確に確認する必要があります。本記事は執筆時点で報じられている内容に基づく一般的な解説であり、実際の申告・経理処理にあたっては国税庁の最新資料や顧問税理士への確認をおすすめします。
インボイス制度の経過措置とは
免税事業者からの仕入れに関する経過措置
インボイス制度では、適格請求書発行事業者（課税事業者）以外の免税事業者からの仕入れについて、原則として仕入税額控除ができません。しかし、制度導入直後の急激な負担増を緩和するため、一定期間は免税事業者からの仕入れであっても、仕入税額相当額の一部を控除できる経過措置が設けられています。2023年10月から2026年9月までは80%、その後一定期間は50%の控除が認められる仕組みとして運用されてきました。
2割特例（税額計算の簡便措置）
免税事業者からインボイス発行事業者になった小規模事業者向けの負担軽減策として、「2割特例」があります。これは、業種を問わず、売上に係る消費税額の2割を納税額とすることができる時限的な簡便計算の特例です。個人事業者の場合、2026年分（令和8年分）の申告が2割特例を適用できる最後の年になる見込みとされています。適用を予定している事業者は、対象期間の終了時期を早めに確認しておく必要があります。
少額特例（1万円未満の取引に関する特例）
基準期間の課税売上高が1億円以下、または特定期間の課税売上高が5千万円以下である事業者を対象に、税込1万円未満の課税仕入れについては、インボイスの保存がなくても一定の帳簿の保存のみで仕入税額控除が認められる「少額特例」も設けられています。日々の細かな経費精算の事務負担を軽減できる措置ですが、対象となる事業者の要件や適用期限が定められているため、自社が対象に含まれるかを確認しておくことが大切です。
2026年10月以降の変更点
仕入税額控除の経過措置がより段階的に見直される見込み
税制改正の議論では、仕入税額控除の経過措置について、従来の「80%→50%→0%」という3段階の仕組みから、控除割合をより細かく段階的に引き下げる見直しが検討されています。具体的な移行スケジュールや割合は、税制改正の成立内容によって確定するため、2026年10月が近づいた際に国税庁の公表情報で最終的な内容を確認することが不可欠です。
2割特例終了後の対応
2割特例の適用期間が終了すると、対象事業者は原則課税または簡易課税による本来の消費税計算に移行することになります。簡易課税制度を選択する場合は、事前に届出書の提出が必要になるなど手続き上の注意点があるため、2割特例の終了時期を見据えて、早めに今後の消費税の計算方法を検討しておくことが重要です。
事業者ごとに確認しておきたいこと
免税事業者・小規模事業者が確認すべきこと
免税事業者のまま取引を続けるか、インボイス発行事業者として課税事業者になるかは、取引先との関係や事業規模によって判断が分かれます。経過措置の縮小により、免税事業者からの仕入れに対する取引先の負担が今後増えていく可能性があるため、主要な取引先と早めにコミュニケーションを取り、価格や取引条件について確認しておくとよいでしょう。
課税事業者（仕入側）が確認すべきこと
免税事業者から仕入れを行っている課税事業者は、経過措置の控除割合が縮小することで、実質的な仕入コストが増える可能性があります。会計システムが最新の経過措置の割合に対応しているかを確認するとともに、免税事業者との取引が多い場合は、あらかじめ資金繰りへの影響を試算しておくことをおすすめします。
請求書の記載事項も定期的に見直しておく
経過措置の適用を受ける免税事業者からの請求書には、区分記載請求書等保存方式に準じた記載事項が必要とされる場合があります。取引先から受け取る請求書のフォーマットが制度に沿っているかを定期的に確認し、経理担当者間で記載ルールを共有しておくと、控除漏れや処理ミスを防ぐことにつながります。
インボイス発行事業者への転換を検討する際のチェックポイント
取引先の構成を確認する
主な取引先が事業者（法人・個人事業主）なのか、一般消費者なのかによって、インボイス発行事業者になる必要性は変わります。取引先の多くが仕入税額控除を必要とする事業者の場合、経過措置の縮小にあわせて取引条件の見直しを求められる可能性があるため、早めに取引先の意向を確認しておくとよいでしょう。
課税事業者になった場合の事務負担も考慮する
インボイス発行事業者として課税事業者になると、消費税の申告・納税の事務が新たに発生します。2割特例のような簡便な計算方法が使える間は負担が比較的軽く済みますが、特例終了後は原則課税・簡易課税いずれかの方法で本来の計算を行う必要があるため、会計ソフトの導入や税理士への相談も含めて、事務体制を整えておくことが望ましいです。
インボイス制度に関するよくある質問
免税事業者のままでも取引を続けられますか
制度上、免税事業者のままインボイスを発行しない事業者と取引を続けること自体は可能です。ただし、経過措置の控除割合が縮小するにつれて、取引先が負担する消費税額が増えていくため、価格交渉や取引条件の見直しが行われる可能性がある点は考慮しておく必要があります。
2割特例と簡易課税、どちらを選べばよいですか
事業の種類やみなし仕入率、実際の経費の割合によって有利不利が変わるため、一概にどちらがよいとはいえません。2割特例が使える間はシンプルに納税額を計算できるメリットがありますが、特例終了後を見据えて、簡易課税を選択した場合の試算もあわせて行っておくと、切り替え時に慌てずに済みます。判断に迷う場合は税理士に相談することをおすすめします。
経過措置の割合はどこで確認できますか
経過措置の適用期間や控除割合は、消費税法や関連する政令・国税庁の通達で定められています。制度の詳細や最新の適用スケジュールは、国税庁ウェブサイトのインボイス制度特設サイトで随時公表されているため、実務で適用する際は必ず最新の一次情報を確認するようにしましょう。
まとめ
インボイス制度の経過措置は、2026年10月前後を境に内容が変わる見込みで、免税事業者・課税事業者の双方に実務上の影響が及ぶ可能性があります。2割特例の終了時期や仕入税額控除の控除割合の見直しなど、確定的な内容は国税庁の公表情報を確認しながら、取引先との調整や会計処理の準備を早めに進めておきましょう。制度変更のたびに一から調べ直すのは負担が大きいため、顧問税理士がいる場合は定期的に最新情報を共有してもらう体制を整えておくと安心です。
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