「取引先からメールで届いた請求書は、印刷して保管すればよいのでは」と考えている方は、今一度確認が必要かもしれません。2024年1月から、電子データでやり取りした請求書や領収書などの取引情報（電子取引データ）は、紙に印刷するのではなく、電子データのまま保存することが原則として義務化されています。
この電子取引データ保存の義務は、電子帳簿保存法という法律に定められたルールで、対応を怠ると青色申告の承認取消しなど税務上のリスクにつながる可能性があります。一方で、売上高が一定額以下の事業者には検索要件が不要になるなど、実務負担を軽減する緩和措置も設けられています。
この記事では、電子取引データ保存の基本的な仕組みと、2026年時点で経理担当者や個人事業主が確認しておきたい対応のポイントを、国税庁が公表している情報をもとに整理します。制度の詳細や自社への適用可否については、最新の国税庁の一問一答や税理士への相談もあわせてご確認ください。
電子帳簿保存法における「電子取引データ保存」とは
メールやサイトでやり取りした取引情報が対象
電子帳簿保存法は、帳簿や書類を電子データで保存する際のルールを定めた法律です。このうち「電子取引データ保存」は、メールに添付されたPDFの請求書や、クラウドサービス・ECサイト上で発行される領収書など、電子的にやり取りされた取引情報を対象とした保存ルールです。
2024年1月から紙保存が原則不可に
以前は、電子データで受け取った請求書等を紙に印刷して保存することも認められていました。しかし2024年1月以降は、電子的に授受した取引情報については、原則としてそのまま電子データで保存することが義務化されています。紙の請求書をスキャンして電子化する話とは異なり、「もともと電子データでやり取りしたものは電子データのまま保存する」という点がポイントです。
電子取引データ保存で満たすべき2つの要件
真実性の要件
データが改ざんされていないことを担保するための要件です。具体的には、タイムスタンプを付与する、訂正・削除の履歴が残るシステムを利用する、あるいは訂正・削除の防止に関する事務処理規程を定めて運用するといった方法のいずれかを満たす必要があるとされています。
可視性（検索性）の要件
税務調査などの際に、必要なデータをすぐに確認できるようにするための要件です。パソコンやディスプレイ、プリンタなどを備え付けてすぐに出力できる状態にしておくことに加えて、取引年月日・取引金額・取引先で検索できる状態にしておくことなどが求められています。
中小事業者向けの緩和措置
売上高5,000万円以下は検索要件が原則不要
税制改正により、検索要件が不要となる対象が拡大され、2年前（基準期間）の売上高が5,000万円以下の事業者は、税務職員の求めに応じてデータをダウンロードできる状態にしておけば、検索要件を満たさなくてもよいとされています。多くの中小事業者や個人事業主にとっては、実務上の負担が軽くなる措置といえます。
「日付・金額・取引先」で整理したファイル名管理でも対応可能
検索要件の緩和対象にならない場合でも、ファイル名を「日付＿金額＿取引先名」といった規則で統一し、フォルダ分けをして保存しておけば、検索要件を満たしたと扱われる運用が可能とされています。専用システムを導入しなくても、日々のファイル名の付け方を工夫するだけで対応できる点は、経理体制が整っていない小規模事業者にとって取り組みやすいポイントです。
2026年時点で確認しておきたい対応ポイント
税務調査でのチェックが厳格化する傾向
制度開始から一定期間が経過し、2026年以降の税務調査では、電子取引データが要件に沿って適切に保存されているかどうかが、これまで以上に確認される傾向にあるとされています。「そのうち対応すればよい」と後回しにせず、早めに社内の保存ルールを整えておくことが望ましいでしょう。
重加算税の加重措置と信頼できるシステムの活用
近年の税制改正により、国税庁長官が定める基準に適合したシステムを使い、要件に沿って電子取引データの授受・保存を行っている場合には、不正があった際の重加算税の加重措置の対象から除外される仕組みも設けられています。データ量が多い事業者は、JIIMA（公益社団法人日本文書情報マネジメント協会）認証を受けたクラウドサービスの活用も選択肢のひとつです。
事務処理規程の整備から始めるのが現実的
本格的なシステム導入が難しい場合でも、訂正・削除の防止に関する事務処理規程を整備し、社内で運用することで真実性の要件を満たすことができます。国税庁のウェブサイトでは規程のひな形も公表されているため、まずはこうした規程の整備とファイル名の統一ルールづくりから着手するのが、多くの中小事業者にとって現実的な進め方といえるでしょう。
スキャナ保存制度との違い
紙で受け取った書類はスキャナ保存制度の対象
電子帳簿保存法には、電子取引データ保存のほかに「スキャナ保存制度」という区分もあります。これは、取引先から紙で受け取った請求書や領収書を、スキャナやスマートフォンで読み取って画像データとして保存する場合のルールです。紙で受け取った書類を電子化して保存するかどうかは事業者の任意ですが、メールなど電子的に受け取った取引情報は、任意ではなく原則として電子データのまま保存しなければならない義務である点が、大きな違いです。
紙保存のみで済ませられる場合との混同に注意
紙で発行・受領した書類は、引き続き紙のまま保存することも認められています。「電子帳簿保存法対応＝すべてのデータをスキャンしなければならない」と誤解しているケースも見られますが、義務化されているのはあくまで電子的に授受した取引情報の保存方法についてです。自社の取引が紙中心なのか電子中心なのかを整理したうえで、必要な対応を判断することが大切です。
対応しない場合に想定されるリスク
青色申告の承認取消しにつながる可能性
電子取引データを要件どおりに保存していない状態が続くと、税務調査の際に指摘を受けるだけでなく、悪質なケースでは青色申告の承認が取り消されるリスクもあるとされています。青色申告が取り消されると、赤字の繰越控除など税務上の優遇措置が受けられなくなるため、事業経営への影響も小さくありません。
まずは現状把握から始める
対応に不安がある場合は、まず自社がどのような形で電子取引を行っているか（メール添付、クラウドサービス経由など）を洗い出すことから始めましょう。取引の実態を把握したうえで、事務処理規程の整備やファイル名のルールづくりなど、無理のない範囲で対応を進めていくことが現実的です。
まとめ
電子取引データ保存は、2024年1月から原則義務化されている制度ですが、売上高5,000万円以下の事業者への検索要件の緩和など、実務負担に配慮した措置も設けられています。2026年以降は税務調査での確認がより厳格化していく可能性があるため、対応が済んでいない事業者は早めに準備を進めることが大切です。
自社がどの程度の対応を求められるかは、売上規模や取引の電子化の状況によって異なります。制度の詳細や自社への適用については、国税庁が公表している一問一答や特設サイト、顧問税理士への相談で最新情報を確認するようにしましょう。
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