2023年10月にスタートしたインボイス制度も、気づけば3年が経とうとしています。「経過措置があるから、まだ大丈夫」と考えていた方も多いのではないでしょうか。しかし、この経過措置は永久に続くものではなく、2026年10月を境に内容が変わる予定です。本記事では、インボイス制度の経過措置がどのような仕組みで、2026年10月からどう変わっていく見込みなのか、そして免税事業者と取引のある事業者が今のうちに準備しておきたいことを、初心者の方にもわかりやすく解説します。なお、税制改正に関する内容は今後の国会審議等により変更される可能性があるため、最新情報は国税庁の公表資料でご確認いただくことをおすすめします。
インボイス制度の経過措置とは
なぜ経過措置が設けられているのか
インボイス制度（適格請求書等保存方式）では、消費税の仕入税額控除を受けるために、原則として「適格請求書発行事業者」が発行したインボイス（適格請求書）が必要です。ところが、売上高1,000万円以下などの小規模な事業者の多くは、これまで消費税の納税が免除される「免税事業者」として活動してきました。インボイス制度が始まると、免税事業者からの仕入れについては仕入税額控除ができなくなるため、免税事業者と取引を続けている事業者の税負担が急に増えてしまう懸念がありました。こうした急激な負担増を緩和するために設けられたのが「経過措置」です。
現行制度における80％控除の仕組み
経過措置の基本的な内容は、免税事業者など「適格請求書発行事業者以外の者」からの仕入れであっても、一定期間は仕入税額相当額の一部を控除できるというものです。具体的には、制度開始から2026年9月30日までの3年間は、本来控除できない消費税額の80％相当額を仕入税額として控除できる取り扱いとなっています。この経過措置により、免税事業者と取引がある事業者も、急激な負担増を避けながら段階的に対応を進められる仕組みになっていました。
2026年10月から何が変わるのか
仕入税額控除の割合が段階的に縮小する見込み
当初のルールでは、2026年10月以降は控除割合が80％から50％に引き下げられ、2029年9月30日までの経過措置終了後は控除ができなくなる予定でした。しかし、令和8年度税制改正では、この経過措置の適用期限を延長し、控除割合の引き下げ方をよりなだらかにする見直しが行われたとされています。報道や専門家の解説によれば、80％控除の期間が終わったあとは70％控除、その後50％控除、30％控除と、段階を追って徐々に控除割合が下がっていく形に変更される見込みです。ただし、具体的な適用開始時期や割合の詳細は、今後公表される国税庁の資料等で必ずご確認ください。本記事の数値はあくまで目安としてご参照いただければと思います。
令和8年度税制改正で新設された支援策
今回の改正では、控除割合の見直しに合わせて、個人事業者向けに新しい負担軽減策も設けられたとされています。代表的なものが「3割特例」と呼ばれる仕組みで、一定の要件を満たす個人事業者が確定申告を行う際に、納税額を抑えられる特例として案内されています。適用対象となる年分や要件は制度によって細かく定められているため、自分が対象になるかどうかは、顧問税理士や国税庁の公表資料で個別に確認することが大切です。
個人事業主・免税事業者と取引がある事業者が今すべき対応
取引先が課税事業者か免税事業者かを把握する
まず取り組みたいのが、自社の取引先が「適格請求書発行事業者」として登録済みかどうかの確認です。継続的に取引がある免税事業者については、インボイスへの対応状況や、今後インボイス発行事業者への登録を予定しているかどうかをヒアリングしておくと、経理処理の見通しが立てやすくなります。
経理処理・会計ソフトの設定を見直す
控除割合が段階的に変わっていくと、仕入税額控除の計算方法もそのつど見直しが必要になります。会計ソフトによっては、税率区分や控除割合の設定を自動で更新してくれるものもありますが、免税事業者からの仕入れを正しく区分して記帳できているか、経理担当者と一緒に確認しておくと安心です。また、少額特例や2割特例など、すでに利用している他の特例との適用関係についても、あわせて整理しておくとよいでしょう。
早めに専門家へ相談する
インボイス制度の経過措置は複数の特例が重なり合っており、事業の規模や業種によって最適な対応が異なります。「うちの場合はどうなるのか」を正確に知るには、顧問税理士や税務署への相談が近道です。2026年10月という節目を前に、早めに情報収集と相談を進めておくことをおすすめします。
混同しやすい他の消費税特例との違い
2割特例との違い
経過措置とあわせてよく話題になるのが「2割特例」です。2割特例は、インボイス制度をきっかけに免税事業者から適格請求書発行事業者（課税事業者）になった小規模事業者が、納付する消費税額を売上に係る消費税額の2割に軽減できるという制度で、売り手側（自分が消費税を納める側）の負担を軽くする仕組みです。これに対して、本記事で解説している経過措置は、買い手側が免税事業者から仕入れる際の仕入税額控除に関する制度であり、着目している立場が異なります。自分がどちらの制度の対象になるのか、あるいは両方に関係するのかを整理しておくと理解が深まります。
少額特例との違い
もうひとつ押さえておきたいのが「少額特例」です。これは、一定規模以下の事業者が行う少額（税込1万円未満）の課税仕入れについて、インボイスの保存がなくても帳簿の保存のみで仕入税額控除を認めるという特例で、経理事務の負担を軽くする目的で設けられています。適用できる事業者の規模や期間には条件があるため、自社が対象になるかどうかは、顧問税理士や国税庁の案内で確認しておくと安心です。経過措置・2割特例・少額特例はそれぞれ目的や対象が異なるため、混同しないよう整理しておきましょう。
経過措置を適用する際の実務上のポイント
帳簿への記載が必要になる
経過措置の適用を受けるためには、通常の仕入税額控除の要件に加えて、帳簿に「経過措置の適用を受ける課税仕入れである旨」を記載することが求められるとされています。具体的な記載方法は、会計ソフトによってあらかじめ選択肢が用意されている場合もあれば、摘要欄に手入力が必要な場合もあります。自社で利用している会計ソフトが、経過措置に対応した記帳ができる仕様になっているか、あらかじめ確認しておくとよいでしょう。
請求書等の保存も引き続き必要
経過措置はインボイスがなくても一定割合の控除を認める制度ですが、区分記載請求書等と同様の記載事項を満たした請求書等の保存は引き続き必要とされています。取引先が免税事業者であっても、日付・取引内容・金額・双方の名称などが記載された請求書等をきちんと受け取り、保存しておく体制を整えておくことが大切です。
まとめ
インボイス制度の経過措置は、2026年10月を境に仕入税額控除の割合が段階的に縮小していく見込みです。免税事業者と取引のある事業者にとっては、経理処理や取引先との関係を見直す良いタイミングといえます。あわせて、2割特例や少額特例など関連する制度との違いも整理しておくと、実務上の混乱を防ぎやすくなります。制度の詳細は税制改正の動向によって変わる可能性があるため、最新情報を国税庁のホームページなどで確認しながら、早めの準備を心がけましょう。
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