2023年10月にスタートしたインボイス制度（適格請求書等保存方式）ですが、2026年10月には、免税事業者との取引に関する経過措置の内容が変わることが予定されています。あわせて、個人事業主やフリーランスの消費税申告を簡易にする「2割特例」も、令和8年分をもって適用が終わる見込みです。本記事では、2026年10月以降の変更点と、事業者が今のうちに確認しておきたいポイントを整理します。制度改正の内容は複雑に感じられるかもしれませんが、順を追って理解しておくことで、慌てずに対応できるようになります。
インボイス制度の経過措置、2026年10月に何が変わるのか
インボイス制度では、インボイス（適格請求書）を発行できない免税事業者からの仕入れについて、原則として消費税の仕入税額控除を受けることができません。ただし、制度導入による急激な負担増を緩和するため、一定期間は免税事業者からの仕入れであっても、仕入税額の一部を控除できる経過措置が設けられています。この経過措置による控除割合は、制度開始から一定期間は80%とされていましたが、2026年10月からはこの割合が70%に縮小される見込みです。取引先に免税事業者が含まれる事業者にとっては、仕入税額控除できる金額が少なくなり、実質的な税負担が増える可能性があるため、注意が必要です。
制度開始からの経過措置の推移
インボイス制度の経過措置は、2023年10月の制度開始から一定期間は80%控除、その後段階的に縮小していくという設計で当初から予定されていました。2026年10月の70%への引き下げは、この段階的な縮小スケジュールの一環にあたりますが、経過措置全体の終了時期については当初の予定から延長されたという情報もあります。最新のスケジュールや控除割合については、国税庁の公表資料で随時確認するようにしましょう。
会計処理・請求書管理での確認ポイント
経過措置の割合が変わることで、会計ソフトの設定や、免税事業者との取引を記録する際の消費税区分を見直す必要が出てくる場合があります。とくに、複数の税率や経過措置の区分が混在する事業者では、10月をまたぐ取引の処理を誤らないよう、会計ソフトのアップデート状況や設定内容を事前に確認しておくことが望ましいでしょう。取引の締め日と経過措置の切り替わり時期がずれる場合は、どちらの控除割合を適用すべきか判断に迷うこともあるため、顧問税理士がいる場合は早めに処理方針を確認しておくと安心です。
免税事業者側が意識しておきたいこと
経過措置の縮小は、主に免税事業者から仕入れを行う課税事業者側の負担に関わる変更ですが、免税事業者の立場からも無関係ではありません。取引先から「インボイスを発行できないと今後の取引条件を見直す可能性がある」といった相談を受けるケースも考えられるため、自身が課税事業者になるべきかどうかを、売上規模や取引先との関係も踏まえて検討しておくことが望ましいでしょう。
少額特例との違いに注意
インボイス制度には、一定規模以下の事業者を対象に、少額の取引についてはインボイスの保存を不要とする「少額特例」という別の措置もあります。少額特例は経過措置とは異なる制度であり、対象者や適用期限も別に定められているため、混同しないよう注意しましょう。
2割特例の終了と、その後の対応
2割特例とは、インボイス制度を機に免税事業者からあえて課税事業者（適格請求書発行事業者）になった小規模事業者を対象に、売上にかかる消費税額の2割を納税額とすることができる、簡易的な計算方法です。この2割特例は、法人は令和8年（2026年）9月30日を含む事業年度まで、個人事業者は令和8年分（2026年分）までを対象に適用されるとされており、その後は原則として利用できなくなる見込みです。
2割特例終了後は「3割特例」などの後継措置へ
2割特例の終了後、令和8年度税制改正では、個人事業者について令和9年分・令和10年分の申告に3割特例を適用できる、後継的な措置が新たに設けられたとされています。対象者や適用条件の詳細は今後の国税庁の発表で明らかになっていく部分もあるため、自分が対象になるかどうかは、国税庁の特設ページなど最新の公式情報で確認することが重要です。
簡易課税制度への切り替えも選択肢に
2割特例が使えなくなった後の選択肢としては、実際の課税仕入れをもとに計算する原則課税のほか、業種ごとに定められたみなし仕入率で計算する簡易課税制度もあります。どちらが有利かは事業内容や仕入れの状況によって異なるため、顧問税理士がいる場合は早めに相談し、いない場合も国税庁や税務署の窓口を活用して、自社にあった方法を検討しておくとよいでしょう。
顧問税理士がいない事業者が今からできること
取引先の状況を確認しておく
自社の取引先に免税事業者が含まれているかどうかを一覧化しておくと、経過措置の変更による影響を把握しやすくなります。取引先ごとの適格請求書発行事業者登録の有無を確認し、必要に応じて早めに相談しておくとよいでしょう。
会計ソフト・請求書システムの設定確認
多くの会計ソフトや請求書発行システムでは、経過措置の適用率をあらかじめ設定できるようになっています。2026年10月の制度変更にあわせてシステム側の設定が更新されているか、提供事業者からの案内を確認しておくことをおすすめします。
よくある質問
2割特例が終わったら消費税の負担は必ず増えますか？
2割特例よりも簡易課税や原則課税の方が有利になるケースもあり、必ずしも負担が増えるとは限りません。事業内容によって最適な計算方法は異なるため、事前にシミュレーションしておくことをおすすめします。
経過措置はいつまで続きますか？
経過措置の期間は延長され、当初の予定より長い期間にわたって段階的に控除割合が縮小されていく見込みとされています。ただし、詳細な期間や今後の控除割合については国税庁の発表内容を随時確認することが重要です。
インボイスに対応していない請求書を受け取った場合はどうすればいいですか？
相手が適格請求書発行事業者かどうかを確認したうえで、免税事業者からの請求書であれば、経過措置の対象として一定割合の仕入税額控除ができる場合があります。帳簿への記載方法など、経過措置の適用要件を満たしているかを確認しながら処理することが大切です。
登録を取りやめて再び免税事業者に戻ることはできますか？
一定の手続きを行うことで、適格請求書発行事業者の登録を取りやめることは可能とされています。ただし、取引先との関係や、取りやめ後の消費税の取り扱いなど確認すべき点が多いため、判断に迷う場合は税務署や税理士に相談することをおすすめします。
まとめ
2026年10月には、インボイス制度の経過措置の縮小と、2割特例の終了という2つの大きな変化が事業者を待っています。制度の詳細や後継措置の内容は今後も情報が更新される可能性があるため、全体像を押さえつつ、実際の申告にあたっては国税庁の最新の公表資料を必ず確認するようにしましょう。
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