2023年10月にスタートしたインボイス制度には、事業者の負担を緩和するためのいくつかの経過措置が設けられてきました。しかし、これらの経過措置は期限付きのものであり、2026年10月前後を境に段階的に内容が変わっていきます。この記事では、インボイス制度に関する経過措置の変更点を整理します。制度の細部は税制改正大綱や国税庁の通達で確定していく部分もあるため、最終的な適用関係は必ず国税庁の公式情報や顧問税理士への確認をおすすめします。

インボイス制度導入の背景をおさらい

インボイス制度は、消費税の仕入税額控除を受けるために、適格請求書（インボイス）の保存を必要とする制度です。制度導入前は、免税事業者からの仕入れであっても仕入税額控除が可能でしたが、制度開始後は原則としてインボイス発行事業者からの仕入れでなければ控除を受けられなくなりました。この大きな変化に対応するため、複数の経過措置が用意されてきた経緯があります。

2割特例とは何だったのか

2割特例とは、インボイス発行事業者に登録した免税事業者が、消費税の納税額を「売上に係る消費税額の2割」に軽減できる制度です。本来の原則課税や簡易課税に比べて事務負担・納税負担が軽く、インボイス制度への登録に伴う小規模事業者の負担を緩和する目的で設けられました。

2割特例の適用期間

2割特例は、恒久的な制度ではなく、期間が定められた経過措置です。個人事業者については、令和8年（2026年）分までの申告に適用され、その後は新たに3割特例が設けられる見込みとされています。法人については、令和8年9月30日を含む事業年度までが対象とされており、法人と個人とで適用の区切り方が異なる点に注意が必要です。

仕入税額控除に関する経過措置の縮小

インボイス発行事業者ではない免税事業者などからの仕入れについても、制度開始から一定期間は、仕入税額の一定割合を控除できる経過措置が設けられています。当初は制度開始から3年間は仕入税額相当額の80%を、その後の3年間は50%を控除できるとされていましたが、2026年10月以降は、この控除割合がさらに段階的に引き下げられる見直しが行われる見込みです。免税事業者との取引が多い事業者にとっては、控除できる金額が減っていくことを踏まえた仕入・外注管理の見直しが必要になります。

高額な取引への上限設定

あわせて、1つの免税事業者からの課税仕入れの合計額が年間で一定額を超える場合、超えた部分については仕入税額控除の対象外となる取り扱いも設けられています。免税事業者との取引額が大きい事業者は、取引先ごとの年間取引額を把握しておくことが実務上重要になります。

事業者が今から準備しておきたいこと

自社の適用区分を確認する

まず、自社が2割特例の対象であるかどうか、対象である場合はいつまで適用できるのかを確認しておく必要があります。個人事業者と法人とで適用期限の考え方が異なるため、思い込みで判断せず、顧問税理士に確認するか、国税庁の最新情報を確認することをおすすめします。

取引先のインボイス登録状況を再確認する

仕入税額控除の経過措置の縮小は、免税事業者との取引に直接影響します。自社の主要な仕入先・外注先がインボイス発行事業者として登録しているかどうかを改めて確認し、未登録の取引先がいる場合は、今後の取引条件についても話し合っておくとよいでしょう。

簡易課税制度への切り替えも検討する

2割特例の適用が終了した後の選択肢として、簡易課税制度への切り替えも検討の余地があります。業種によって簡易課税のみなし仕入率が異なるため、自社の場合にどちらが有利になるかを試算しておくことをおすすめします。

よくある疑問に答えます

2割特例が終了したら必ず消費税の負担が増えるのか

2割特例が終了した後は、原則課税か簡易課税のいずれかで消費税額を計算することになります。簡易課税の「みなし仕入率」は業種によって異なり、業種によっては2割特例よりも有利になる場合もあれば、逆に負担が増える場合もあります。自社の業種でどちらが有利になるか、事前にシミュレーションしておくことをおすすめします。

免税事業者のままでいることは選択肢になるか

インボイス発行事業者に登録せず、免税事業者のままでいるという選択肢も引き続き存在します。ただし、取引先が仕入税額控除を重視する事業者である場合、経過措置の縮小により、免税事業者との取引を見直す動きが強まる可能性もあります。自社の顧客層や取引形態を踏まえて、登録の要否を検討する必要があります。

経過措置の内容は今後さらに変わる可能性があるか

インボイス制度に関する経過措置は、これまでも税制改正のたびに見直しが行われてきました。今後の税制改正大綱によって、さらに内容が変更される可能性は否定できません。最新の制度内容は、国税庁の発表や顧問税理士からの情報提供を通じて、継続的に確認することが重要です。

小規模事業者が意識しておきたい価格転嫁の視点

インボイス制度の経過措置が縮小していく中で、免税事業者との取引において、これまでのような価格・条件を維持したまま取引を続けられるかどうかは、双方にとって重要な論点になります。発注側の企業が一方的にコスト増を取引先に押し付けるような対応は、下請法などの観点からも問題になり得るため、価格交渉を行う際は、公正取引委員会や中小企業庁が示すガイドラインも踏まえながら、双方が納得できる形で条件を見直していくことが望ましいでしょう。

早めの情報収集と対応が肝心

インボイス制度の経過措置の見直しは、多くの事業者にとって資金繰りや取引条件に直結するテーマです。制度変更の影響を見誤らないためにも、顧問税理士との連携を密にしながら、早め早めの情報収集と対応を心がけることが重要です。

まとめ

インボイス制度の2割特例や仕入税額控除の経過措置は、2026年10月前後を境に段階的に縮小・終了していく見込みです。個人事業者と法人とで適用期限の考え方が異なる点、免税事業者との取引額に応じた控除の制限が設けられている点を踏まえ、自社の取引状況を早めに整理しておくことが重要です。制度の詳細は今後の国税庁の発表で確定していく部分もあるため、最新情報を継続的に確認しながら対応を進めていきましょう。